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分子構造総合討論会運営委員会では、会の活性を担う若手研究者を奨励するために、「分子構造総合討論会奨励賞」を設けています。奨励賞は討論会の懇親会で授与され、受賞者は翌年の討論会で受賞講演を行います。平成19年度以降、分子構造総合討論会奨励賞は、分子科学会において引き継がれることが決まっております。
2006年分子構造総合討論会奨励賞 (第4回静岡)
受賞者: 佐藤 啓文 (京大院・工)
      高口 博志(理研)

2005年分子構造総合討論会奨励賞(第3回、東京)
受賞者: 井村 考平 (分子研)
      加納 英明 (東大院・理)
      三井 正明 (慶大・理工)

2004年分子構造総合討論会奨励賞(第2回、広島)審査会議事録
受賞者: 藤芳 暁 (神戸大学・CREST)
      持田智行 (東邦大・理)

2003年分子構造総合討論会奨励賞(第1回、京都)
受賞者: 石川春樹 (東北大院・理)
      木村佳文 (京大・国際融合創造センター)
      安松久登 (豊田工業大学)

2002年分子科学奨励神戸賞
受賞者: 林 久史 (東北大・多元研)
      若林 知成 (京大院・理)
      藤原久志 (広島市立大・情報科学部)